国民の健康を維持するために定められている健康保険ですが、全ての治療に適用される訳ではありません。

次のような場合は、窓口で保険証を提示しても保険診療とはならず、医療費の全額が自己負担となってしまいます。

一般的な健康診断や人間ドック、正常な妊娠と出産、経済上の理由による人工妊娠中絶、美容を目的とする整形手術、歯列矯正や金歯などの歯科治療、予防接種、日常生活に支障のない程度のソバカスやアザ、シミなどの治療、治療しても回復の見込みがない近（遠）視などの眼科治療、医師の同意なしで受けた、按摩や針治療、灸、マッサージの費用、労災保険の対象、あるいは雇用主の負担となる場合の治療費、入院時の室料差額、患者自身の責任（けんかなど）で負った傷病の治療費用、故意による犯罪行為や事故による怪我、故意による傷病の治療、医師の指示に従わない場合、医師の処方箋によらない売薬の購入費等。

上記のような場合は、保険診療の適用対象からはずされますので、注意して下さい。

また、けんかや泥酔・自傷行為等の場合には給付の一部が制限される場合があります。

交通事故の場合の医療費に関しては、交通事故による負傷の治療には健康保険が使えないという話がありますが、ごく普通の病院であれば健康保険の使用を拒否することはありません。